Dans /usr/share/applications/kde4 on trouve tout un ensemble de fichiers .desktop, dont dolphin, etc. Ils sont tous bâtis sur le même modèle, mais avec plus ou moins d'options. Voici celui de dolphin, par exemple :

[Desktop Entry]
Name=Dolphin
...
Name[fr]=Dolphin
...
Exec=dolphin %i -caption "%c" %u
Icon=system-file-manager
Type=Application
X-DocPath=dolphin/index.html
Categories=Qt;KDE;System;FileManager;
GenericName=File Manager
...
GenericName[fr]=Gestionnaire de fichiers
...
Terminal=false
MimeType=inode/directory;
InitialPreference=10

On peut ouvrir ça avec kate :

kdesudo kate /usr/share/applications/kde4/dolphin.desktop

Puis on enregistre tout de suite ça sous un autre nom, par exemple dolphin-su.desktop, histoire de ne pas toucher au fichier original.
On ajoute ceci, par exemple après la ligne X-DocPath=dolphin/index.html

X-KDE-SubstituteUID=true

On a aussi intérêt à modifier Name[fr]=Dolphin en Name[fr]=Dolphin (su) par exemple,
ainsi que GenericName[fr]=Gestionnaire de fichiers en GenericName[fr]=Gestionnaire de fichiers (su)
Enfin, si on y tient, on peut aussi changer l'icône (à condition d'en trouver une bonne)

On enregistre…

Et surprise, dans le menu système on trouve une nouvelle entrée :
Gestionnaire de fichier (su)
Dolphin (su)

Surprise plus grande encore : la même entrée se trouve aussi dans les menus contextuels…

J'ai vérifié, ça fonctionne de la même façon pour kate et probablement pour la plupart des applications (y compris hors du répertoire kde4), si nécessaire.

<note>Source :debian-facile.org</note>